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Promiscuous recognition of MR1 drives self-reactive mucosal-associated invariant T cell responses
2023-01-01 Chancellor, Andrew; Alan Simmons, Robert; Khanolkar, Rahul C; Nosi, Vladimir; Beshirova, Aisha; Berloffa, Giuliano; Colombo, Rodrigo; Karuppiah, Vijaykumar; Pentier, Johanne M; Tubb, Vanessa; Ghadbane, Hemza; Suckling, Richard J; Page, Keith; Crean, Rory M; Vacchini, Alessandro; De Gregorio, Corinne; Schaefer, Verena; Constantin, Daniel; Gligoris, Thomas; Lloyd, Angharad; Hock, Miriam; Srikannathasan, Velupillai; Robinson, Ross A; Besra, Gurdyal S; van der Kamp, Marc W; Mori, Lucia; Calogero, Raffaele; Cole, David K; De Libero, Gennaro; Lepore, Marco
Functional-Feature-Based Data Reduction Using Sparsely Connected Autoencoders
2023-01-01 Alessandri, Luca; Calogero, Raffaele A
Single-Cell RNAseq Data QC and Preprocessing
2023-01-01 Olivero, Martina; Calogero, Raffaele A
Single-Cell RNAseq Clustering
2023-01-01 Beccuti M.; Calogero R.A.
Using "Galaxy-rCASC": A Public Galaxy Instance for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2023-01-01 Mandreoli, Pietro; Alessandri, Luca; Calogero, Raffaele A; Tangaro, Marco Antonio; Zambelli, Federico
CONNECTOR, fitting and clustering of longitudinal data to reveal a new risk stratification system
2023-01-01 Pernice, Simone; Sirovich, Roberta; Grassi, Elena; Viviani, Marco; Ferri, Martina; Sassi, Francesco; Alessandrì, Luca; Tortarolo, Dora; Calogero, Raffaele A; Trusolino, Livio; Bertotti, Andrea; Beccuti, Marco; Olivero, Martina; Cordero, Francesca
p140Cap inhibits β-Catenin in the breast cancer stem cell compartment instructing a protective anti-tumor immune response
2023-01-01 Salemme, Vincenzo; Vedelago, Mauro; Sarcinella, Alessandro; Moietta, Federico; Piccolantonio, Alessio; Moiso, Enrico; Centonze, Giorgia; Manco, Marta; Guala, Andrea; Lamolinara, Alessia; Angelini, Costanza; Morellato, Alessandro; Natalini, Dora; Calogero, Raffaele; Incarnato, Danny; Oliviero, Salvatore; Conti, Laura; Iezzi, Manuela; Tosoni, Daniela; Bertalot, Giovanni; Freddi, Stefano; Tucci, Francesco A; De Sanctis, Francesco; Frusteri, Cristina; Ugel, Stefano; Bronte, Vincenzo; Cavallo, Federica; Provero, Paolo; Gai, Marta; Taverna, Daniela; Turco, Emilia; Pece, Salvatore; Defilippi, Paola
Single-Cell RNAseq Complexity Reduction
2023-01-01 Cordero, Francesca; Calogero, Raffaele A
Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering
2022-01-01 Avesani, Simone; Viesi, Eva; Alessandrì, Luca; Motterle, Giovanni; Bonnici, Vincenzo; Beccuti, Marco; Calogero, Raffaele; Giugno, Rosalba
Regulation of CD45 phosphatase by oncogenic ALK in anaplastic large cell lymphoma
2022-01-01 Mura, Giulia; Karaca Atabay, Elif; Menotti, Matteo; Martinengo, Cinzia; Ambrogio, Chiara; Giacomello, Gloria; Arigoni, Maddalena; Olivero, Martina; Calogero, Raffaele A; Chiarle, Roberto; Voena, Claudia
Circulating Extracellular Vesicles Contain Liver-Derived RNA Species as Indicators of Severe Cholestasis-Induced Early Liver Fibrosis in Mice
2022-01-01 Fagoonee, Sharmila; Arigoni, Maddalena; Manco, Marta; Olivero, Martina; Bizzaro, Francesca; Magagnotti, Cinzia; Andolfo, Annapaola; Miniscalco, Barbara; Forni, Marco; Todeschi, Stefano; Tolosano, Emanuela; Bocchietto, Elena; Calogero, Raffaele; Altruda, Fiorella
MET∆14 promotes a ligand-dependent, AKT-driven invasive growth
2022-01-01 Cerqua, Marina; Botti, Orsola; Arigoni, Maddalena; Gioelli, Noemi; Serini, Guido; Calogero, Raffaele; Boccaccio, Carla; Comoglio, Paolo M; Altintas, Dogus M
Extracellular Vesicles Derived From Plasma of Patients With Neurodegenerative Disease Have Common Transcriptomic Profiling
2022-01-01 Sproviero D.; Gagliardi S.; Zucca S.; Arigoni M.; Giannini M.; Garofalo M.; Fantini V.; Pansarasa O.; Avenali M.; Ramusino M.C.; Diamanti L.; Minafra B.; Perini G.; Zangaglia R.; Costa A.; Ceroni M.; Calogero R.A.; Cereda C.
Computational Analysis of circRNA Expression Data
2021-01-01 Ferrero G.; Licheri N.; De Bortoli M.; Calogero R.A.; Beccuti M.; Cordero F.
Early stability and late random tumor progression of a HER2-positive primary breast cancer patient-derived xenograft
2021-01-01 Landuzzi L.; Palladini A.; Ceccarelli C.; Asioli S.; Nicoletti G.; Giusti V.; Ruzzi F.; Ianzano M.L.; Scalambra L.; Laranga R.; Balboni T.; Arigoni M.; Olivero M.; Calogero R.A.; De Giovanni C.; Dall'Ora M.; Di Oto E.; Santini D.; Foschini M.P.; Cucchi M.C.; Zanotti S.; Taffurelli M.; Nanni P.; Lollini P.-L.
Application of the Euro Clonality next-generation sequencing-based marker screening approach to detect immunoglobulin heavy chain rearrangements in mantle cell lymphoma patients: first data from the Fondazione Italiana Linfomi MCL0208 trial
2021-01-01 Genuardi, Elisa; Romano, Greta; Beccuti, Marco; Alessandria, Beatrice; Mannina, Donato; Califano, Catello; Rota Scalabrini, Delia; Cortelazzo, Sergio; Ladetto, Marco; Ferrero, Simone; Calogero, Raffaele A; Cordero, Francesca
Identification of TENM4 as a novel cancer stem cell-associated molecule and potential target in triple negative breast cancer
2021-01-01 Ruiu R.; Barutello G.; Arigoni M.; Riccardo F.; Conti L.; Peppino G.; Annaratone L.; Marchio C.; Mengozzi G.; Calogero R.A.; Cavallo F.; Quaglino E.
Evolution of HER2-positive mammary carcinoma: HER2 loss reveals claudin-low traits in cancer progression
2021-01-01 Giusti V.; Ruzzi F.; Landuzzi L.; Ianzano M.L.; Laranga R.; Nironi E.; Scalambra L.; Nicoletti G.; De Giovanni C.; Olivero M.; Arigoni M.; Calogero R.; Nanni P.; Palladini A.; Lollini P.-L.
Identification of Teneurin 4 as a novel cancer-stem cell associated antigen and potential biomarker.
2021-01-01 Peppino G., Barutello G., Ruiu R., Arigoni M., Riccardo F., Conti L., Calogero R.A., Quaglino E.
MET Exon 14 Skipping: A Case Study for the Detection of Genetic Variants in Cancer Driver Genes by Deep Learning
2021-01-01 Nosi, Vladimir; Luca, Alessandrì; Milan, Melissa; Arigoni, Maddalena; Benvenuti, Silvia; Cacchiarelli, Davide; Cesana, Marcella; Riccardo, Sara; Di Filippo, Lucio; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Comoglio, Paolo M.; Calogero, Raffaele A.
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
|---|---|---|---|
| Promiscuous recognition of MR1 drives self-reactive mucosal-associated invariant T cell responses | 2023 | Chancellor, Andrew; Alan Simmons, Robert; Khanolkar, Rahul C; Nosi, Vladimir; Beshirova, Aisha; Berloffa, Giuliano; Colombo, Rodrigo; Karuppiah, Vijaykumar; Pentier, Johanne M; Tubb, Vanessa; Ghadbane, Hemza; Suckling, Richard J; Page, Keith; Crean, Rory M; Vacchini, Alessandro; De Gregorio, Corinne; Schaefer, Verena; Constantin, Daniel; Gligoris, Thomas; Lloyd, Angharad; Hock, Miriam; Srikannathasan, Velupillai; Robinson, Ross A; Besra, Gurdyal S; van der Kamp, Marc W; Mori, Lucia; Calogero, Raffaele; Cole, David K; De Libero, Gennaro; Lepore, Marco | |
| Functional-Feature-Based Data Reduction Using Sparsely Connected Autoencoders | 2023 | Alessandri, Luca; Calogero, Raffaele A | |
| Single-Cell RNAseq Data QC and Preprocessing | 2023 | Olivero, Martina; Calogero, Raffaele A | |
| Single-Cell RNAseq Clustering | 2023 | Beccuti M.; Calogero R.A. | |
| Using "Galaxy-rCASC": A Public Galaxy Instance for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis | 2023 | Mandreoli, Pietro; Alessandri, Luca; Calogero, Raffaele A; Tangaro, Marco Antonio; Zambelli, Federico | |
| CONNECTOR, fitting and clustering of longitudinal data to reveal a new risk stratification system | 2023 | Pernice, Simone; Sirovich, Roberta; Grassi, Elena; Viviani, Marco; Ferri, Martina; Sassi, Francesco; Alessandrì, Luca; Tortarolo, Dora; Calogero, Raffaele A; Trusolino, Livio; Bertotti, Andrea; Beccuti, Marco; Olivero, Martina; Cordero, Francesca | |
| p140Cap inhibits β-Catenin in the breast cancer stem cell compartment instructing a protective anti-tumor immune response | 2023 | Salemme, Vincenzo; Vedelago, Mauro; Sarcinella, Alessandro; Moietta, Federico; Piccolantonio, Alessio; Moiso, Enrico; Centonze, Giorgia; Manco, Marta; Guala, Andrea; Lamolinara, Alessia; Angelini, Costanza; Morellato, Alessandro; Natalini, Dora; Calogero, Raffaele; Incarnato, Danny; Oliviero, Salvatore; Conti, Laura; Iezzi, Manuela; Tosoni, Daniela; Bertalot, Giovanni; Freddi, Stefano; Tucci, Francesco A; De Sanctis, Francesco; Frusteri, Cristina; Ugel, Stefano; Bronte, Vincenzo; Cavallo, Federica; Provero, Paolo; Gai, Marta; Taverna, Daniela; Turco, Emilia; Pece, Salvatore; Defilippi, Paola | |
| Single-Cell RNAseq Complexity Reduction | 2023 | Cordero, Francesca; Calogero, Raffaele A | |
| Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering | 2022 | Avesani, Simone; Viesi, Eva; Alessandrì, Luca; Motterle, Giovanni; Bonnici, Vincenzo; Beccuti, Marco; Calogero, Raffaele; Giugno, Rosalba | |
| Regulation of CD45 phosphatase by oncogenic ALK in anaplastic large cell lymphoma | 2022 | Mura, Giulia; Karaca Atabay, Elif; Menotti, Matteo; Martinengo, Cinzia; Ambrogio, Chiara; Giacomello, Gloria; Arigoni, Maddalena; Olivero, Martina; Calogero, Raffaele A; Chiarle, Roberto; Voena, Claudia | |
| Circulating Extracellular Vesicles Contain Liver-Derived RNA Species as Indicators of Severe Cholestasis-Induced Early Liver Fibrosis in Mice | 2022 | Fagoonee, Sharmila; Arigoni, Maddalena; Manco, Marta; Olivero, Martina; Bizzaro, Francesca; Magagnotti, Cinzia; Andolfo, Annapaola; Miniscalco, Barbara; Forni, Marco; Todeschi, Stefano; Tolosano, Emanuela; Bocchietto, Elena; Calogero, Raffaele; Altruda, Fiorella | |
| MET∆14 promotes a ligand-dependent, AKT-driven invasive growth | 2022 | Cerqua, Marina; Botti, Orsola; Arigoni, Maddalena; Gioelli, Noemi; Serini, Guido; Calogero, Raffaele; Boccaccio, Carla; Comoglio, Paolo M; Altintas, Dogus M | |
| Extracellular Vesicles Derived From Plasma of Patients With Neurodegenerative Disease Have Common Transcriptomic Profiling | 2022 | Sproviero D.; Gagliardi S.; Zucca S.; Arigoni M.; Giannini M.; Garofalo M.; Fantini V.; Pansarasa O.; Avenali M.; Ramusino M.C.; Diamanti L.; Minafra B.; Perini G.; Zangaglia R.; Costa A.; Ceroni M.; Calogero R.A.; Cereda C. | |
| Computational Analysis of circRNA Expression Data | 2021 | Ferrero G.; Licheri N.; De Bortoli M.; Calogero R.A.; Beccuti M.; Cordero F. | |
| Early stability and late random tumor progression of a HER2-positive primary breast cancer patient-derived xenograft | 2021 | Landuzzi L.; Palladini A.; Ceccarelli C.; Asioli S.; Nicoletti G.; Giusti V.; Ruzzi F.; Ianzano M.L.; Scalambra L.; Laranga R.; Balboni T.; Arigoni M.; Olivero M.; Calogero R.A.; De Giovanni C.; Dall'Ora M.; Di Oto E.; Santini D.; Foschini M.P.; Cucchi M.C.; Zanotti S.; Taffurelli M.; Nanni P.; Lollini P.-L. | |
| Application of the Euro Clonality next-generation sequencing-based marker screening approach to detect immunoglobulin heavy chain rearrangements in mantle cell lymphoma patients: first data from the Fondazione Italiana Linfomi MCL0208 trial | 2021 | Genuardi, Elisa; Romano, Greta; Beccuti, Marco; Alessandria, Beatrice; Mannina, Donato; Califano, Catello; Rota Scalabrini, Delia; Cortelazzo, Sergio; Ladetto, Marco; Ferrero, Simone; Calogero, Raffaele A; Cordero, Francesca | |
| Identification of TENM4 as a novel cancer stem cell-associated molecule and potential target in triple negative breast cancer | 2021 | Ruiu R.; Barutello G.; Arigoni M.; Riccardo F.; Conti L.; Peppino G.; Annaratone L.; Marchio C.; Mengozzi G.; Calogero R.A.; Cavallo F.; Quaglino E. | |
| Evolution of HER2-positive mammary carcinoma: HER2 loss reveals claudin-low traits in cancer progression | 2021 | Giusti V.; Ruzzi F.; Landuzzi L.; Ianzano M.L.; Laranga R.; Nironi E.; Scalambra L.; Nicoletti G.; De Giovanni C.; Olivero M.; Arigoni M.; Calogero R.; Nanni P.; Palladini A.; Lollini P.-L. | |
| Identification of Teneurin 4 as a novel cancer-stem cell associated antigen and potential biomarker. | 2021 | Peppino G., Barutello G., Ruiu R., Arigoni M., Riccardo F., Conti L., Calogero R.A., Quaglino E. | |
| MET Exon 14 Skipping: A Case Study for the Detection of Genetic Variants in Cancer Driver Genes by Deep Learning | 2021 | Nosi, Vladimir; Luca, Alessandrì; Milan, Melissa; Arigoni, Maddalena; Benvenuti, Silvia; Cacchiarelli, Davide; Cesana, Marcella; Riccardo, Sara; Di Filippo, Lucio; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Comoglio, Paolo M.; Calogero, Raffaele A. |
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