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Realizability and strong normalization for a curry-howard interpretation of HA + EM1 2013 Aschieri, Federico; Berardi, Stefano; Birolo, Giovanni
SNP-discovery by RAD-sequencing in a germplasm collection of wild and cultivated grapevines (V. vinifera L.) 2017 Marrano A.; Birolo G.; Prazzoli M.L.; Lorenzi S.; Valle G.; Grando M.S.
QueryOR: A comprehensive web platform for genetic variant analysis and prioritization 2017 Bertoldi L.; Forcato C.; Vitulo N.; Birolo G.; De Pascale F.; Feltrin E.; Schiavon R.; Anglani F.; Negrisolo S.; Zanetti A.; D'Avanzo F.; Tomanin R.; Faulkner G.; Vezzi A.; Valle G.
Serum miRNA Profiling of Malignant Pleural Mesothelioma and Early Diagnosis: A Massive Parallel Sequencing Approach 2018 Elisabetta Casalone, Barbara Pardini, Giovanni Birolo, Simonetta Guarrera, Alessandra Allione, Marta Betti, Daniela Ferrante, Caterina Casadio, Dario Mirabelli,Mencoboni Manlio, Corrado Magnani, Irma Dianzani, Giuseppe Matullo
microRNA profiles in urine by next-generation sequencing can stratify bladder cancer subtypes 2018 Pardini Barbara, Cordero Francesca, Naccarati Alessio, Viberti Clara, Birolo Giovanni, Oderda Marco, Di Gaetano Cornelia, Arigoni Maddalena, Martina Federica, Calogero Raffaele, Sacerdote Carlotta, Gontero Paolo, Vineis Paolo, Matullo Giuseppe
Population structure of modern-day Italians reveals patterns of ancient and archaic ancestries in Southern Europe 2019 Raveane A.; Aneli S.; Montinaro F.; Athanasiadis G.; Barlera S.; Birolo G.; Boncoraglio G.; Di Blasio A.M.; Di Gaetano C.; Pagani L.; Parolo S.; Paschou P.; Piazza A.; Stamatoyannopoulos G.; Angius A.; Brucato N.; Cucca F.; Hellenthal G.; Mulas A.; Peyret-Guzzon M.; Zoledziewska M.; Baali A.; Bycroft C.; Cherkaoui M.; Chiaroni J.; Di Cristofaro J.; Dina C.; Dugoujon J.M.; Galan P.; Giemza J.; Kivisild T.; Mazieres S.; Melhaoui M.; Metspalu M.; Myers S.; Pereira L.; Ricaut F.X.; Brisighelli F.; Cardinali I.; Grugni V.; Lancioni H.; Pascali V.L.; Torroni A.; Semino O.; Matullo G.; Achilli A.; Olivieri A.; Capelli C.
Noncoding rnas in extracellular fluids as cancer biomarkers: The new frontier of liquid biopsies 2019 Pardini B.; Sabo A.A.; Birolo G.; Calin G.A.
Limitations and challenges in protein stability prediction upon genome variations: towards future applications in precision medicine 2020 Sanavia T.; Birolo G.; Montanucci L.; Turina P.; Capriotti E.; Fariselli P.
ACE2 gene variants may underlie interindividual variability and susceptibility to COVID-19 in the Italian population 2020 Benetti E.; Tita R.; Spiga O.; Ciolfi A.; Birolo G.; Bruselles A.; Doddato G.; Giliberti A.; Marconi C.; Musacchia F.; Pippucci T.; Torella A.; Trezza A.; Valentino F.; Baldassarri M.; Brusco A.; Asselta R.; Bruttini M.; Furini S.; Seri M.; Nigro V.; Matullo G.; Tartaglia M.; Mari F.; Elisa F.; Chiara F.; Sergio D.; Susanna C.; Sara A.; Francesca F.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Feri M.; Scala R.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Canaccini A.; Spertilli C.; Donati A.; Guidelli L.; Croci L.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Minardi C.; Castelli D.; Polesini I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Guerrini S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Fiorentino G.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Renieri A.; Pinto A.M.
Small non-coding RNA profiling in plasma extracellular vesicles of bladder cancer patients by next-generation sequencing: Expression levels of miR-126-3p and piR-5936 increase with higher histologic grades 2020 Sabo A.A.; Birolo G.; Naccarati A.; Dragomir M.P.; Aneli S.; Allione A.; Oderda M.; Allasia M.; Gontero P.; Sacerdote C.; Vineis P.; Matullo G.; Pardini B.
ACDC-NN: a deep learning predictor of protein stability change upon mutation. 2021 Benevenuta S, Pancotti C, Fariselli P, Birolo G, SANAVIA T
Dadaist2: A toolkit to automate and simplify statistical analysis and plotting of metabarcoding experiments 2021 Ansorge R.; Birolo G.; James S.A.; Telatin A.
Seqfu: A suite of utilities for the robust and reproducible manipulation of sequence files 2021 Telatin A.; Fariselli P.; Birolo G.
Analysis of italian BRCA1/2 pathogenic variants identifies a private spectrum in the population from the Bergamo Province in northern Italy 2021 Figlioli G.; De Nicolo A.; Catucci I.; Manoukian S.; Peissel B.; Azzollini J.; Beltrami B.; Bonanni B.; Calvello M.; Bondavalli D.; Pasini B.; Lutati F.V.; Ogliara P.; Zuradelli M.; Pensotti V.; De Vecchi G.; Volorio S.; Verderio P.; Pizzamiglio S.; Matullo G.; Aneli S.; Birolo G.; Zanardi F.; Tondini C.; Zambelli A.; Livraghi L.; Franchi M.; Radice P.; Peterlongo P.
Employing a systematic approach to biobanking and analyzing clinical and genetic data for advancing COVID-19 research 2021 Daga S.; Fallerini C.; Baldassarri M.; Fava F.; Valentino F.; Doddato G.; Benetti E.; Furini S.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Meloni I.; Pinto A.M.; Raimondi F.; Stella A.; Biscarini F.; Picchiotti N.; Gori M.; Pinoli P.; Ceri S.; Sanarico M.; Crawley F.P.; Birolo G.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Croci S.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Zanella I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Bosio G.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Renieri A.; Mari F.; Frullanti E.
Genetic and epigenetic characterization of a discordant kmt2a/aff1-rearranged infant monozygotic twin pair 2021 Russo A.; Viberti C.; Mareschi K.; Casalone E.; Guarrera S.; Birolo G.; Cazzaniga G.; Corral L.; Trentin L.; Basso G.; Fagioli F.; Matullo G.
An antisymmetric neural network to predict free energy changes in protein variants 2021 Benevenuta S.; Pancotti C.; Fariselli P.; Birolo G.; Sanavia T.
Adipocyte-derived extracellular vesicles regulate survival and function of pancreatic β cells 2021 Gesmundo I.; Pardini B.; Gargantini E.; Gamba G.; Birolo G.; Fanciulli A.; Banfi D.; Congiusta N.; Favaro E.; Deregibus M.C.; Togliatto G.; Zocaro G.; Brizzi M.F.; Luque R.M.; Castano J.P.; Bocchiotti M.A.; Arolfo S.; Bruno S.; Nano R.; Morino M.; Piemonti L.; Ong H.; Matullo G.; Falcon-Perez J.M.; Ghigo E.; Camussi G.; Granata R.
Protein Stability Perturbation Contributes to the Loss of Function in Haploinsufficient Genes 2021 Birolo G.; Benevenuta S.; Fariselli P.; Capriotti E.; Giorgio E.; Sanavia T.
Usefulness of a Hepatitis B Surface Antigen-Based Model for the Prediction of Functional Cure in Patients with Chronic Hepatitis B Virus Infection Treated with Nucleos(t)ide Analogues: A Real-World Study 2021 Caviglia, Gian Paolo; Troshina, Yulia; Garro, Enrico; Gesualdo, Marcantonio; Aneli, Serena; Birolo, Giovanni; Pittaluga, Fabrizia; Cavallo, Rossana; Saracco, Giorgio Maria; Ciancio, Alessia
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