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Seqfu: A suite of utilities for the robust and reproducible manipulation of sequence files 2021 Telatin A.; Fariselli P.; Birolo G.
Analysis of italian BRCA1/2 pathogenic variants identifies a private spectrum in the population from the Bergamo Province in northern Italy 2021 Figlioli G.; De Nicolo A.; Catucci I.; Manoukian S.; Peissel B.; Azzollini J.; Beltrami B.; Bonanni B.; Calvello M.; Bondavalli D.; Pasini B.; Lutati F.V.; Ogliara P.; Zuradelli M.; Pensotti V.; De Vecchi G.; Volorio S.; Verderio P.; Pizzamiglio S.; Matullo G.; Aneli S.; Birolo G.; Zanardi F.; Tondini C.; Zambelli A.; Livraghi L.; Franchi M.; Radice P.; Peterlongo P.
Employing a systematic approach to biobanking and analyzing clinical and genetic data for advancing COVID-19 research 2021 Daga S.; Fallerini C.; Baldassarri M.; Fava F.; Valentino F.; Doddato G.; Benetti E.; Furini S.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Meloni I.; Pinto A.M.; Raimondi F.; Stella A.; Biscarini F.; Picchiotti N.; Gori M.; Pinoli P.; Ceri S.; Sanarico M.; Crawley F.P.; Birolo G.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Croci S.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Zanella I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Bosio G.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Renieri A.; Mari F.; Frullanti E.
BamToCov: An efficient toolkit for sequence coverage calculations 2022 Birolo G.; Telatin A.
DDGun: an untrained predictor of protein stability changes upon amino acid variants 2022 Montanucci L.; Capriotti E.; Birolo G.; Benevenuta S.; Pancotti C.; Lal D.; Fariselli P.
Multi-Event Survival Prediction for Amyotrophic Lateral Sclerosis 2022 Corrado Pancotti, Giovanni Birolo, Tiziana Sanavia, Cesare Rollo, Piero Fariselli
Extracellular vesicles derived from tumour cells as a trigger of energy crisis in the skeletal muscle 2022 Pin F.; Beltra M.; Garcia-Castillo L.; Pardini B.; Birolo G.; Matullo G.; Penna F.; Guttridge D.; Costelli P.
Extracellular vesicles miRNome profiling reveals a close liaison between circulating miRNAs and lipid metabolism derangements in patients with NAFLD 2022 Elisabetta Casalone, Gian Paolo Caviglia, Chiara Rosso, Serena Aneli, Alessandra Allione, Melania Gaggini, Cristina Grange, Fabrizia Carli, Angelo Armandi, Chiara Catalano, Giovanni Birolo, Davide Giuseppe Ribaldone, Amalia Gastaldelli, Elisabetta Bugianesi, Giuseppe Matullo
Twenty years of the Human Genome Diversity Project 2022 Aneli, Serena; Birolo, Giovanni; Matullo, Giuseppe
Serum Extracellular Vesicle-Derived microRNAs as Potential Biomarkers for Pleural Mesothelioma in a European Prospective Study 2022 Casalone E.; Birolo G.; Pardini B.; Allione A.; Russo A.; Catalano C.; Mencoboni M.; Ferrante D.; Magnani C.; Sculco M.; Dianzani I.; Grosso F.; Mirabelli D.; Filiberti R.A.; Rena O.; Sacerdote C.; Rodriguez-Barranco M.; Smith-Byrne K.; Panico S.; Agnoli C.; Johnson T.; Kaaks R.; Tumino R.; Huerta J.M.; Riboli E.; Heath A.K.; Trobajo-Sanmartin C.; Schulze M.B.; Saieva C.; Amiano P.; Agudo A.; Weiderpass E.; Vineis P.; Matullo G.
Long-Term Hepatocellular Carcinoma Development and Predictive Ability of Non-Invasive Scoring Systems in Patients with HCV-Related Cirrhosis Treated with Direct-Acting Antivirals 2022 Caviglia G.P.; Troshina G.; Santaniello U.; Rosati G.; Bombaci F.; Birolo G.; Nicolosi A.; Saracco G.M.; Ciancio A.
Deep learning methods to predict amyotrophic lateral sclerosis disease progression 2022 Pancotti C.; Birolo G.; Rollo C.; Sanavia T.; Di Camillo B.; Manera U.; Chio A.; Fariselli P.
The genomic landscape of canine diffuse large B-cell lymphoma identifies distinct subtypes with clinical and therapeutic implications 2022 Giannuzzi, Diana; Marconato, Laura; Fanelli, Antonella; Licenziato, Luca; De Maria, Raffaella; Rinaldi, Andrea; Rotta, Luca; Rouquet, Nicole; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Mensah, Afua A; Bertoni, Francesco; Aresu, Luca
Combined miRNA and SERS urine liquid biopsy for the point-of-care diagnosis and molecular stratification of bladder cancer 2022 Moisoiu T.; Dragomir M.P.; Iancu S.D.; Schallenberg S.; Birolo G.; Ferrero G.; Burghelea D.; Stefancu A.; Cozan R.G.; Licarete E.; Allione A.; Matullo G.; Iacob G.; Balint Z.; Badea R.I.; Naccarati A.; Horst D.; Pardini B.; Leopold N.; Elec F.
Predicting protein stability changes upon single-point mutation: a thorough comparison of the available tools on a new dataset 2022 Pancotti, Corrado; Benevenuta, Silvia; Birolo, Giovanni; Alberini, Virginia; Repetto, Valeria; Sanavia, Tiziana; Capriotti, Emidio; Fariselli, Piero
Caucasian lean subjects with non-alcoholic fatty liver disease share long-term prognosis of non-lean: time for reappraisal of BMI-driven approach? 2022 Younes, Ramy; Govaere, Olivier; Petta, Salvatore; Miele, Luca; Tiniakos, Dina; Burt, Alastair; David, Ezio; Vecchio, Fabio Maria; Maggioni, Marco; Cabibi, Daniela; McLeod, Duncan; Pareja, Maria Jesus; Fracanzani, Anna Ludovica; Aller, Rocio; Rosso, Chiara; Ampuero, Javier; Gallego-Durán, Rocío; Armandi, Angelo; Caviglia, Gian Paolo; Zaki, Marco Y W; Liguori, Antonio; Francione, Paolo; Pennisi, Grazia; Grieco, Antonio; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Eslam, Mohammed; Valenti, Luca; George, Jacob; Romero-Gómez, Manuel; Anstee, Quentin Mark; Bugianesi, Elisabetta
The 8q24 region hosts miRNAs altered in biospecimens of colorectal and bladder cancer patients 2023 Gagliardi, Amedeo; Francescato, Giulia; Ferrero, Giulio; Birolo, Giovanni; Tarallo, Sonia; Francavilla, Antonio; Piaggeschi, Giulia; Di Battista, Carla; Gallo, Gaetano; Realis Luc, Alberto; Sacerdote, Carlotta; Matullo, Giuseppe; Vineis, Paolo; Naccarati, Alessio; Pardini, Barbara
Impact of PNPLA3 rs738409 polymorphism on the development of liver-related events in patients with non-alcoholic fatty liver disease 2023 Rosso, Chiara; Caviglia, Gian Paolo; Birolo, Giovanni; Armandi, Angelo; Pennisi, Grazia; Pelusi, Serena; Younes, Ramy; Liguori, Antonio; Perez-Diaz-Del-Campo, Nuria; Nicolosi, Aurora; Govaere, Olivier; Castelnuovo, Gabriele; Olivero, Antonella; Abate, Maria Lorena; Ribaldone, Davide Giuseppe; Fariselli, Piero; Valenti, Luca; Miele, Luca; Petta, Salvatore; Romero-Gomez, Manuel; Anstee, Quentin M; Bugianesi, Elisabetta
Challenges in predicting stabilizing variations: An exploration 2023 Benevenuta S.; Birolo G.; Sanavia T.; Capriotti E.; Fariselli P.
Unravelling the instability of mutational signatures extraction via archetypal analysis 2023 Pancotti C.; Rollo C.; Birolo G.; Benevenuta S.; Fariselli P.; Sanavia T.
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