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Seqfu: A suite of utilities for the robust and reproducible manipulation of sequence files
2021-01-01 Telatin A.; Fariselli P.; Birolo G.
Analysis of italian BRCA1/2 pathogenic variants identifies a private spectrum in the population from the Bergamo Province in northern Italy
2021-01-01 Figlioli G.; De Nicolo A.; Catucci I.; Manoukian S.; Peissel B.; Azzollini J.; Beltrami B.; Bonanni B.; Calvello M.; Bondavalli D.; Pasini B.; Lutati F.V.; Ogliara P.; Zuradelli M.; Pensotti V.; De Vecchi G.; Volorio S.; Verderio P.; Pizzamiglio S.; Matullo G.; Aneli S.; Birolo G.; Zanardi F.; Tondini C.; Zambelli A.; Livraghi L.; Franchi M.; Radice P.; Peterlongo P.
Employing a systematic approach to biobanking and analyzing clinical and genetic data for advancing COVID-19 research
2021-01-01 Daga S.; Fallerini C.; Baldassarri M.; Fava F.; Valentino F.; Doddato G.; Benetti E.; Furini S.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Meloni I.; Pinto A.M.; Raimondi F.; Stella A.; Biscarini F.; Picchiotti N.; Gori M.; Pinoli P.; Ceri S.; Sanarico M.; Crawley F.P.; Birolo G.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Croci S.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Zanella I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Bosio G.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Renieri A.; Mari F.; Frullanti E.
BamToCov: An efficient toolkit for sequence coverage calculations
2022-01-01 Birolo G.; Telatin A.
DDGun: an untrained predictor of protein stability changes upon amino acid variants
2022-01-01 Montanucci L.; Capriotti E.; Birolo G.; Benevenuta S.; Pancotti C.; Lal D.; Fariselli P.
Multi-Event Survival Prediction for Amyotrophic Lateral Sclerosis
2022-01-01 Corrado Pancotti, Giovanni Birolo, Tiziana Sanavia, Cesare Rollo, Piero Fariselli
Extracellular vesicles derived from tumour cells as a trigger of energy crisis in the skeletal muscle
2022-01-01 Pin F.; Beltra M.; Garcia-Castillo L.; Pardini B.; Birolo G.; Matullo G.; Penna F.; Guttridge D.; Costelli P.
Extracellular vesicles miRNome profiling reveals a close liaison between circulating miRNAs and lipid metabolism derangements in patients with NAFLD
2022-01-01 Elisabetta Casalone, Gian Paolo Caviglia, Chiara Rosso, Serena Aneli, Alessandra Allione, Melania Gaggini, Cristina Grange, Fabrizia Carli, Angelo Armandi, Chiara Catalano, Giovanni Birolo, Davide Giuseppe Ribaldone, Amalia Gastaldelli, Elisabetta Bugianesi, Giuseppe Matullo
Twenty years of the Human Genome Diversity Project
2022-01-01 Aneli, Serena; Birolo, Giovanni; Matullo, Giuseppe
Serum Extracellular Vesicle-Derived microRNAs as Potential Biomarkers for Pleural Mesothelioma in a European Prospective Study
2022-01-01 Casalone E.; Birolo G.; Pardini B.; Allione A.; Russo A.; Catalano C.; Mencoboni M.; Ferrante D.; Magnani C.; Sculco M.; Dianzani I.; Grosso F.; Mirabelli D.; Filiberti R.A.; Rena O.; Sacerdote C.; Rodriguez-Barranco M.; Smith-Byrne K.; Panico S.; Agnoli C.; Johnson T.; Kaaks R.; Tumino R.; Huerta J.M.; Riboli E.; Heath A.K.; Trobajo-Sanmartin C.; Schulze M.B.; Saieva C.; Amiano P.; Agudo A.; Weiderpass E.; Vineis P.; Matullo G.
Long-Term Hepatocellular Carcinoma Development and Predictive Ability of Non-Invasive Scoring Systems in Patients with HCV-Related Cirrhosis Treated with Direct-Acting Antivirals
2022-01-01 Caviglia G.P.; Troshina G.; Santaniello U.; Rosati G.; Bombaci F.; Birolo G.; Nicolosi A.; Saracco G.M.; Ciancio A.
Deep learning methods to predict amyotrophic lateral sclerosis disease progression
2022-01-01 Pancotti C.; Birolo G.; Rollo C.; Sanavia T.; Di Camillo B.; Manera U.; Chio A.; Fariselli P.
The genomic landscape of canine diffuse large B-cell lymphoma identifies distinct subtypes with clinical and therapeutic implications
2022-01-01 Giannuzzi, Diana; Marconato, Laura; Fanelli, Antonella; Licenziato, Luca; De Maria, Raffaella; Rinaldi, Andrea; Rotta, Luca; Rouquet, Nicole; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Mensah, Afua A; Bertoni, Francesco; Aresu, Luca
Combined miRNA and SERS urine liquid biopsy for the point-of-care diagnosis and molecular stratification of bladder cancer
2022-01-01 Moisoiu T.; Dragomir M.P.; Iancu S.D.; Schallenberg S.; Birolo G.; Ferrero G.; Burghelea D.; Stefancu A.; Cozan R.G.; Licarete E.; Allione A.; Matullo G.; Iacob G.; Balint Z.; Badea R.I.; Naccarati A.; Horst D.; Pardini B.; Leopold N.; Elec F.
Predicting protein stability changes upon single-point mutation: a thorough comparison of the available tools on a new dataset
2022-01-01 Pancotti, Corrado; Benevenuta, Silvia; Birolo, Giovanni; Alberini, Virginia; Repetto, Valeria; Sanavia, Tiziana; Capriotti, Emidio; Fariselli, Piero
Caucasian lean subjects with non-alcoholic fatty liver disease share long-term prognosis of non-lean: time for reappraisal of BMI-driven approach?
2022-01-01 Younes, Ramy; Govaere, Olivier; Petta, Salvatore; Miele, Luca; Tiniakos, Dina; Burt, Alastair; David, Ezio; Vecchio, Fabio Maria; Maggioni, Marco; Cabibi, Daniela; McLeod, Duncan; Pareja, Maria Jesus; Fracanzani, Anna Ludovica; Aller, Rocio; Rosso, Chiara; Ampuero, Javier; Gallego-Durán, Rocío; Armandi, Angelo; Caviglia, Gian Paolo; Zaki, Marco Y W; Liguori, Antonio; Francione, Paolo; Pennisi, Grazia; Grieco, Antonio; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Eslam, Mohammed; Valenti, Luca; George, Jacob; Romero-Gómez, Manuel; Anstee, Quentin Mark; Bugianesi, Elisabetta
The 8q24 region hosts miRNAs altered in biospecimens of colorectal and bladder cancer patients
2023-01-01 Gagliardi, Amedeo; Francescato, Giulia; Ferrero, Giulio; Birolo, Giovanni; Tarallo, Sonia; Francavilla, Antonio; Piaggeschi, Giulia; Di Battista, Carla; Gallo, Gaetano; Realis Luc, Alberto; Sacerdote, Carlotta; Matullo, Giuseppe; Vineis, Paolo; Naccarati, Alessio; Pardini, Barbara
Impact of PNPLA3 rs738409 polymorphism on the development of liver-related events in patients with non-alcoholic fatty liver disease
2023-01-01 Rosso, Chiara; Caviglia, Gian Paolo; Birolo, Giovanni; Armandi, Angelo; Pennisi, Grazia; Pelusi, Serena; Younes, Ramy; Liguori, Antonio; Perez-Diaz-Del-Campo, Nuria; Nicolosi, Aurora; Govaere, Olivier; Castelnuovo, Gabriele; Olivero, Antonella; Abate, Maria Lorena; Ribaldone, Davide Giuseppe; Fariselli, Piero; Valenti, Luca; Miele, Luca; Petta, Salvatore; Romero-Gomez, Manuel; Anstee, Quentin M; Bugianesi, Elisabetta
Challenges in predicting stabilizing variations: An exploration
2023-01-01 Benevenuta S.; Birolo G.; Sanavia T.; Capriotti E.; Fariselli P.
Unravelling the instability of mutational signatures extraction via archetypal analysis
2023-01-01 Pancotti C.; Rollo C.; Birolo G.; Benevenuta S.; Fariselli P.; Sanavia T.
Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
---|---|---|---|
Seqfu: A suite of utilities for the robust and reproducible manipulation of sequence files | 2021 | Telatin A.; Fariselli P.; Birolo G. | |
Analysis of italian BRCA1/2 pathogenic variants identifies a private spectrum in the population from the Bergamo Province in northern Italy | 2021 | Figlioli G.; De Nicolo A.; Catucci I.; Manoukian S.; Peissel B.; Azzollini J.; Beltrami B.; Bonanni B.; Calvello M.; Bondavalli D.; Pasini B.; Lutati F.V.; Ogliara P.; Zuradelli M.; Pensotti V.; De Vecchi G.; Volorio S.; Verderio P.; Pizzamiglio S.; Matullo G.; Aneli S.; Birolo G.; Zanardi F.; Tondini C.; Zambelli A.; Livraghi L.; Franchi M.; Radice P.; Peterlongo P. | |
Employing a systematic approach to biobanking and analyzing clinical and genetic data for advancing COVID-19 research | 2021 | Daga S.; Fallerini C.; Baldassarri M.; Fava F.; Valentino F.; Doddato G.; Benetti E.; Furini S.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Meloni I.; Pinto A.M.; Raimondi F.; Stella A.; Biscarini F.; Picchiotti N.; Gori M.; Pinoli P.; Ceri S.; Sanarico M.; Crawley F.P.; Birolo G.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Croci S.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Zanella I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Bosio G.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Renieri A.; Mari F.; Frullanti E. | |
BamToCov: An efficient toolkit for sequence coverage calculations | 2022 | Birolo G.; Telatin A. | |
DDGun: an untrained predictor of protein stability changes upon amino acid variants | 2022 | Montanucci L.; Capriotti E.; Birolo G.; Benevenuta S.; Pancotti C.; Lal D.; Fariselli P. | |
Multi-Event Survival Prediction for Amyotrophic Lateral Sclerosis | 2022 | Corrado Pancotti, Giovanni Birolo, Tiziana Sanavia, Cesare Rollo, Piero Fariselli | |
Extracellular vesicles derived from tumour cells as a trigger of energy crisis in the skeletal muscle | 2022 | Pin F.; Beltra M.; Garcia-Castillo L.; Pardini B.; Birolo G.; Matullo G.; Penna F.; Guttridge D.; Costelli P. | |
Extracellular vesicles miRNome profiling reveals a close liaison between circulating miRNAs and lipid metabolism derangements in patients with NAFLD | 2022 | Elisabetta Casalone, Gian Paolo Caviglia, Chiara Rosso, Serena Aneli, Alessandra Allione, Melania Gaggini, Cristina Grange, Fabrizia Carli, Angelo Armandi, Chiara Catalano, Giovanni Birolo, Davide Giuseppe Ribaldone, Amalia Gastaldelli, Elisabetta Bugianesi, Giuseppe Matullo | |
Twenty years of the Human Genome Diversity Project | 2022 | Aneli, Serena; Birolo, Giovanni; Matullo, Giuseppe | |
Serum Extracellular Vesicle-Derived microRNAs as Potential Biomarkers for Pleural Mesothelioma in a European Prospective Study | 2022 | Casalone E.; Birolo G.; Pardini B.; Allione A.; Russo A.; Catalano C.; Mencoboni M.; Ferrante D.; Magnani C.; Sculco M.; Dianzani I.; Grosso F.; Mirabelli D.; Filiberti R.A.; Rena O.; Sacerdote C.; Rodriguez-Barranco M.; Smith-Byrne K.; Panico S.; Agnoli C.; Johnson T.; Kaaks R.; Tumino R.; Huerta J.M.; Riboli E.; Heath A.K.; Trobajo-Sanmartin C.; Schulze M.B.; Saieva C.; Amiano P.; Agudo A.; Weiderpass E.; Vineis P.; Matullo G. | |
Long-Term Hepatocellular Carcinoma Development and Predictive Ability of Non-Invasive Scoring Systems in Patients with HCV-Related Cirrhosis Treated with Direct-Acting Antivirals | 2022 | Caviglia G.P.; Troshina G.; Santaniello U.; Rosati G.; Bombaci F.; Birolo G.; Nicolosi A.; Saracco G.M.; Ciancio A. | |
Deep learning methods to predict amyotrophic lateral sclerosis disease progression | 2022 | Pancotti C.; Birolo G.; Rollo C.; Sanavia T.; Di Camillo B.; Manera U.; Chio A.; Fariselli P. | |
The genomic landscape of canine diffuse large B-cell lymphoma identifies distinct subtypes with clinical and therapeutic implications | 2022 | Giannuzzi, Diana; Marconato, Laura; Fanelli, Antonella; Licenziato, Luca; De Maria, Raffaella; Rinaldi, Andrea; Rotta, Luca; Rouquet, Nicole; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Mensah, Afua A; Bertoni, Francesco; Aresu, Luca | |
Combined miRNA and SERS urine liquid biopsy for the point-of-care diagnosis and molecular stratification of bladder cancer | 2022 | Moisoiu T.; Dragomir M.P.; Iancu S.D.; Schallenberg S.; Birolo G.; Ferrero G.; Burghelea D.; Stefancu A.; Cozan R.G.; Licarete E.; Allione A.; Matullo G.; Iacob G.; Balint Z.; Badea R.I.; Naccarati A.; Horst D.; Pardini B.; Leopold N.; Elec F. | |
Predicting protein stability changes upon single-point mutation: a thorough comparison of the available tools on a new dataset | 2022 | Pancotti, Corrado; Benevenuta, Silvia; Birolo, Giovanni; Alberini, Virginia; Repetto, Valeria; Sanavia, Tiziana; Capriotti, Emidio; Fariselli, Piero | |
Caucasian lean subjects with non-alcoholic fatty liver disease share long-term prognosis of non-lean: time for reappraisal of BMI-driven approach? | 2022 | Younes, Ramy; Govaere, Olivier; Petta, Salvatore; Miele, Luca; Tiniakos, Dina; Burt, Alastair; David, Ezio; Vecchio, Fabio Maria; Maggioni, Marco; Cabibi, Daniela; McLeod, Duncan; Pareja, Maria Jesus; Fracanzani, Anna Ludovica; Aller, Rocio; Rosso, Chiara; Ampuero, Javier; Gallego-Durán, Rocío; Armandi, Angelo; Caviglia, Gian Paolo; Zaki, Marco Y W; Liguori, Antonio; Francione, Paolo; Pennisi, Grazia; Grieco, Antonio; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Eslam, Mohammed; Valenti, Luca; George, Jacob; Romero-Gómez, Manuel; Anstee, Quentin Mark; Bugianesi, Elisabetta | |
The 8q24 region hosts miRNAs altered in biospecimens of colorectal and bladder cancer patients | 2023 | Gagliardi, Amedeo; Francescato, Giulia; Ferrero, Giulio; Birolo, Giovanni; Tarallo, Sonia; Francavilla, Antonio; Piaggeschi, Giulia; Di Battista, Carla; Gallo, Gaetano; Realis Luc, Alberto; Sacerdote, Carlotta; Matullo, Giuseppe; Vineis, Paolo; Naccarati, Alessio; Pardini, Barbara | |
Impact of PNPLA3 rs738409 polymorphism on the development of liver-related events in patients with non-alcoholic fatty liver disease | 2023 | Rosso, Chiara; Caviglia, Gian Paolo; Birolo, Giovanni; Armandi, Angelo; Pennisi, Grazia; Pelusi, Serena; Younes, Ramy; Liguori, Antonio; Perez-Diaz-Del-Campo, Nuria; Nicolosi, Aurora; Govaere, Olivier; Castelnuovo, Gabriele; Olivero, Antonella; Abate, Maria Lorena; Ribaldone, Davide Giuseppe; Fariselli, Piero; Valenti, Luca; Miele, Luca; Petta, Salvatore; Romero-Gomez, Manuel; Anstee, Quentin M; Bugianesi, Elisabetta | |
Challenges in predicting stabilizing variations: An exploration | 2023 | Benevenuta S.; Birolo G.; Sanavia T.; Capriotti E.; Fariselli P. | |
Unravelling the instability of mutational signatures extraction via archetypal analysis | 2023 | Pancotti C.; Rollo C.; Birolo G.; Benevenuta S.; Fariselli P.; Sanavia T. |
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