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Our growing awareness of the microbial world's importance and diversity contrasts starkly with our limited understanding of its fundamental structure. Despite recent advances in DNA sequencing, a lack of standardized protocols and common analytical frameworks impedes comparisons among studies, hindering the development of global inferences about microbial life on Earth. Here we present a meta-analysis of microbial community samples collected by hundreds of researchers for the Earth Microbiome Project. Coordinated protocols and new analytical methods, particularly the use of exact sequences instead of clustered operational taxonomic units, enable bacterial and archaeal ribosomal RNA gene sequences to be followed across multiple studies and allow us to explore patterns of diversity at an unprecedented scale. The result is both a reference database giving global context to DNA sequence data and a framework for incorporating data from future studies, fostering increasingly complete characterization of Earth's microbial diversity.
A communal catalogue reveals Earth's multiscale microbial diversity
Thompson, Luke R;Sanders, Jon G;Mcdonald, Daniel;Amir, Amnon;Ladau, Joshua;Locey, Kenneth J;Prill, Robert J;Tripathi, Anupriya;Gibbons, Sean M;Ackermann, Gail;Navas-molina, Jose A;Janssen, Stefan;Kopylova, Evguenia;Vázquez-baeza, Yoshiki;González, Antonio;Morton, James T;Mirarab, Siavash;Zech Xu, Zhenjiang;Jiang, Lingjing;Haroon, Mohamed F;Kanbar, Jad;Zhu, Qiyun;Jin Song, Se;Kosciolek, Tomasz;Bokulich, Nicholas A;Lefler, Joshua;Brislawn, Colin J;Humphrey, Gregory;Owens, Sarah M;Hampton-marcell, Jarrad;Berg-lyons, Donna;Mckenzie, Valerie;Fierer, Noah;Fuhrman, Jed A;Clauset, Aaron;Stevens, Rick L;Shade, Ashley;Pollard, Katherine S;Goodwin, Kelly D;Jansson, Janet K;Gilbert, Jack A;Knight, Rob;Jose L. Agosto Rivera;Liza Garcia;Tugrul Giray;Yadira Ortiz Castellano;Daniela Vargas-robles;Lisa Al-moosawi;Helen S. Findlay;Andrew P. Rees;Karen Tait;John Alverdy;Cesar Cardona;Maureen L. Coleman;Jennifer Defazio;Kristina Guyton;Monika Krezalek;Emily M. Landon;Simon Lax;Folker Meyer;Catherine Pfister;Miles Richardson;Naseer Sangwan;Baddr Shakhsheer;Benjamin D. Shogan;Katherine R. Amato;Jason Andras;Kate Ballantine;Largus T. Angenent;Anna Forsman;Elliot S. Friedman;Catherine M. Spirito;Jeffrey J. Werner;Pierre Liancourt;Dionysios A. Antonopoulos;Julie D. Jastrow;Peter Larsen;Sarah L. O’brien;Pamela Weisenhorn;Amy Apprill;David Armitage;Eric A. Dubinsky;Seth Kauppinen;Jirˇí Bárta;Julia K. Baum;Danielle C. Claar;Jamie M. Mcdevitt-irwin;Allison Berry;Isaac Gifford;David A. Mills;Andrew Whitehead;Ashish Bhatnagar;Monica Bhatnagar;Jennifer F. Biddle;Lucie Bittner;Bazartseren Boldgiv;Eric Bottos;Kirsten S. Hofmockel;Donal M. Boyer;Josephine Braun;William Brazelton;Francis Q. Brearley;Alexandra H. Campbell;Stephen Joseph;Ezequiel M. Marzinelli;Lucas Moitinho-silva;Paul Munroe;Shaun Nielsen;Peter D. Steinberg;Torsten Thomas;Lukas Van Zwieten;J. Gregory Caporaso;Jolynn Carroll;S. Craig Cary;Brenda B. Casper;Aurora Macrae-crerar;Peter Petraitis;Trevor C. Charles;Josh D. Neufeld;Haiyan Chu;Yingying Ni;Congcong Shen;Yu Shi;Robert G. Clark;Jonathan B. Clayton;Jose C. Clemente;Alyssa Cochran;Jessica L. Metcalf;Elizabeth Pilon-smits;Gavin Collins;Rita R. Colwell;Nur A. Hasan;Mónica Contreras;Maria Alexandra Garcia-amado;Fabian Michelangeli;Virginia Sanz;Benjamin B. Crary;Alexandra M. Linz;Katherine D. Mcmahon;Simon Creer;Nathalie Fenner;Chris Freeman;Peter Golyshin;James E. Mcdonald;Caitlin Potter;Daniel A. Cristol;Byron C. Crump;Ryan Mcminds;David Myrold;Rebecca Vega Thurber;Duoying Cui;Sarah E. Daly;Liliana Davalos;Russell D. Dawson;Frédéric Delsuc;Hebe M. Dionisi;Mariana Lozada;Maria Gloria Dominguez-bello;Robin Dowell;Ryan T. Gill;Jordan Kueneman;Iris I. Levin;Manuel E. Lladser;Rebecca J. Safran;William Van Treuren;Tom Weaver;Sophie Weiss;Giancarlo Galindo;Neslihan Tas¸;Shi Wang;Peter O. Dunn;Linda A. Whittingham;Danilo Ercolini;Vincenzo Fogliano;Paola Piombino;Paola Vitaglione;Robert E. Espinoza;Vanessa Ezenwa;Allison E. Williams;Irma D. Fleming;David Garshelis;Karen Noyce;Robin B. Gasser;Ross Stephen Hall;Aaron R. Jex;Anson V. Koehler;Matthew J. Nolan;Tao Wang;Gunnar Gerdts;Molly K. Gibson;Antje Gittel;Donglai Gong;Hans-peter Grossart;Sarah-jane Haig;George W. Kling;Vanessa Hale;Steven J. Hallam;Colleen T. E. Kellogg;Noriko Okamoto;Kim M. Handley;Shane R. Haydon;Melita A. Stevens;Jonathan E. Hickman;Glida Hidalgo;Magda Magris;Jeff Hooker;Stefan Hulth;Jenni Hultman;Embriette Hyde;Jeremiah Minich;Juan Diego Ibáñez-álamo;L. Scott Johnson;Eric R. Johnston;Joseph R. Mendelson;Stephanie D. Jurburg;Diogo Jurelevicius;Lucy Seldin;Anders Karlsson;Roger Karlsson;Suzanne J. Kennedy;Lee J. Kerkhof;Jozef I. Nissimov;Gary M. King;Benjamin L. Turner;Regina Lamendella;Kelly Lane-degraaf;Julie Laroche;Bonnie Laverock;Miguel Lentino;L. Margarita Martínez;Wenju Liang;David A. Lipson;Forest Rohwer;Yongqin Liu;Walter P. Maccormack;Antonio M. Martín-platero;Manuel Martín-vivaldi;Manuel Martínez-bueno;Juan M. Peralta-sánchez;Olivia U. Mason;Gregory D. Mayer;Krista L. Mcguire;Mónica Medina;F. Joseph Pollock;Kim Miller;Stefano Mocali;Anni Moore;Rachael M. Morgan-kiss;Graeme W. Nicol;Kefeng Niu;Ludovic Orlando;Olayinka Osuolale;Wyatt Oswald;Jacob Parnell;Stephen B. Pointing;Subramanya Rao;Bharath Prithiviraj;Christopher Quince;Asha Rani;Ravi Ranjan;Karl J. Rockne;Ulf Riebesell;Martin Sperling;Carol Robinson;Selena Marie Rodriguezl;Wayne Roundstone;Matthew Schrenk;Lauren M. Seyler;Mark D. Schrenzel;Nicole M. Scott;Luke K. Ursell;Rita L. Seger;Andaine Seguin-orlando;Eske Willerslev;Gabriela M. Sheets;Hakdong Shin;Dave Shutler;Jeffrey Siegel;Steve Simmons;Sara Sjöling;Daniel P. Smith;Juan J. Soler;Brent Stephens;Safiyh Taghavi;Daniel Van Der Lelie;Vera Tai;Chia L. Tan;D. Lee Taylor;Ina Timling;Donald A. Walker;Tim Urich;William A. Walters;Nicole S. Webster;Beck Wehrle;Kristin West;Susan R. Whitehead;Stephen A. Wood;Douglas C. Woodhams;Yeqin Yang;Jesse Zaneveld;Iratxe Zarraonaindia;Qikun Zhang & Hongxia Zhao
2017-01-01
Abstract
Our growing awareness of the microbial world's importance and diversity contrasts starkly with our limited understanding of its fundamental structure. Despite recent advances in DNA sequencing, a lack of standardized protocols and common analytical frameworks impedes comparisons among studies, hindering the development of global inferences about microbial life on Earth. Here we present a meta-analysis of microbial community samples collected by hundreds of researchers for the Earth Microbiome Project. Coordinated protocols and new analytical methods, particularly the use of exact sequences instead of clustered operational taxonomic units, enable bacterial and archaeal ribosomal RNA gene sequences to be followed across multiple studies and allow us to explore patterns of diversity at an unprecedented scale. The result is both a reference database giving global context to DNA sequence data and a framework for incorporating data from future studies, fostering increasingly complete characterization of Earth's microbial diversity.
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La simulazione si basa sui dati IRIS e presenta gli indicatori calcolati alla data indicata sul report. Si ricorda che in sede di domanda ASN presso il MIUR gli indicatori saranno invece calcolati a partire dal 1° gennaio rispettivamente del quinto/decimo/quindicesimo anno precedente la scadenza del quadrimestre di presentazione della domanda (art 2 del DM 598/2018).
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