Alternative splicing detection workflow needs a careful combination of sample prep and bioinformatics analysis

Carrara, Matteo; Lum, Josephine; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Poidinger, Michael; Donatelli, Susanna; Calogero, Raffaele Adolfo; Zolezzi, Francesca

doi:10.1186/1471-2105-16-S9-S2

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RNA-Seq provides remarkable power in the area of biomarkers discovery and disease characterization. Two crucial steps that affect RNA-Seq experiment results are Library Sample Preparation (LSP) and Bioinformatics Analysis (BA). This work describes an evaluation of the combined effect of LSP methods and BA tools in the detection of splice variants.

Titolo:	Alternative splicing detection workflow needs a careful combination of sample prep and bioinformatics analysis
Autori Riconosciuti:	CARRARA, MATTEO Lum, Josephine CORDERO, Francesca BECCUTI, Marco Poidinger, Michael DONATELLI, Susanna CALOGERO, Raffaele Adolfo Zolezzi, Francesca mostra contributor esterni nascondi contributor esterni
Autori:	Carrara, Matteo; Lum, Josephine; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Poidinger, Michael; Donatelli, Susanna; Calogero, Raffaele; Zolezzi, Francesca
Data di pubblicazione:	2015
Abstract:	RNA-Seq provides remarkable power in the area of biomarkers discovery and disease characterization. Two crucial steps that affect RNA-Seq experiment results are Library Sample Preparation (LSP) and Bioinformatics Analysis (BA). This work describes an evaluation of the combined effect of LSP methods and BA tools in the detection of splice variants.
Volume:	16 Suppl 9
Fascicolo:	Suppl 9
Pagina iniziale:	S2
Pagina finale:	S2
Digital Object Identifier (DOI):	10.1186/1471-2105-16-S9-S2
URL:	http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S9/S2
Parole Chiave:	Bioinformatics, RNA sequencing
Rivista:	BMC BIOINFORMATICS
Appare nelle tipologie:	03A-Articolo su Rivista

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http://hdl.handle.net/2318/1520781

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