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A single cell RNAseq benchmark experiment embedding "controlled" cancer heterogeneity
2024-01-01 Arigoni, Maddalena; Ratto, Maria Luisa; Riccardo, Federica; Balmas, Elisa; Calogero, Lorenzo; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Calogero, Raffaele A; Alessandri, Luca
Modulation of faecal miRNAs highlights the preventive effects of a Mediterranean low-inflammatory dietary intervention
2024-01-01 Illescas, Oscar; Ferrero, Giulio; Belfiore, Antonino; Pardini, Barbara; Tarallo, Sonia; Ciniselli, Chiara M.; Noci, Sara; Daveri, Elena; Signoroni, Stefano; Cattaneo, Laura; Mancini, Andrea; Morelli, Daniele; Milione, Massimo; Cordero, Francesca; Rivoltini, Licia; Verderio, Paolo; Pasanisi, Patrizia; Vitellaro, Marco; Naccarati, Alessio; Gariboldi, Manuela
Tamoxifen Activates Transcription Factor EB and Triggers Protective Autophagy in Breast Cancer Cells by Inducing Lysosomal Calcium Release: A Gateway to the Onset of Endocrine Resistance
2024-01-01 Boretto, Cecilia; Actis, Chiara; Faris, Pawan; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Ferrero, Giulio; Muzio, Giuliana; Moccia, Francesco; Autelli, Riccardo
Single-Cell RNAseq Complexity Reduction
2023-01-01 Cordero, Francesca; Calogero, Raffaele A
AI generativa (chatBot) in didattica
2023-01-01 Ivan Molineris, Leonardo Agasso, Ugo Ala, Beatrice Albanesi, Marco Beccuti, Marco Amato Cianci , Riccardo Casciaro , Franco Cauda , Riccardo Massimo Coda, Francesca Cordero, Luigi Di Caro , Ferdinando Di Cunto , Valerio Dimonte, Elena Mazzi , Gian Marco Mongiovi' , Gian Luca Pozzato, Luisa Tibiletti, Mariacristina Uberti , Erica Varese
Artificial intelligence methods for biomedical imaging and omics data
2023-01-01 Barbano C.A.; Beccuti M.; Cordero F.; Ivanov D.N.; Licheri N.; Pernice S.; Presta A.; Renzulli R.; Grangetto M.
CONNECTOR, fitting and clustering of longitudinal data to reveal a new risk stratification system
2023-01-01 Pernice, Simone; Sirovich, Roberta; Grassi, Elena; Viviani, Marco; Ferri, Martina; Sassi, Francesco; Alessandrì, Luca; Tortarolo, Dora; Calogero, Raffaele A; Trusolino, Livio; Bertotti, Andrea; Beccuti, Marco; Olivero, Martina; Cordero, Francesca
A fecal miRNA signature by small RNA sequencing accurately distinguishes colorectal cancers: results from a multicentric study
2023-01-01 Pardini, Barbara; Ferrero, Giulio; Tarallo, Sonia; Gallo, Gaetano; Francavilla, Antonio; Licheri, Nicola; Trompetto, Mario; Clerico, Giuseppe; Senore, Carlo; Peyre, Sergio; Vymetalkova, Veronika; Vodickova, Ludmila; Liska, Vaclav; Vycital, Ondrej; Levy, Miroslav; Macinga, Peter; Hucl, Tomas; Budinska, Eva; Vodicka, Pavel; Cordero, Francesca; Naccarati, Alessio
A new computational workflow to guide personalized drug therapy
2023-01-01 Pernice, Simone; Maglione, Alessandro; Tortarolo, Dora; Sirovich, Roberta; Clerico, Marinella; Rolla, Simona; Beccuti, Marco; Cordero, Francesca
Stool microRNA profiles reflect different dietary and gut microbiome patterns in healthy individuals
2022-01-01 Tarallo S.; Ferrero G.; De Filippis F.; Francavilla A.; Pasolli E.; Panero V.; Cordero F.; Segata N.; Grioni S.; Pensa R.G.; Pardini B.; Ercolini D.; Naccarati A.
Dissecting MRD Kinetics By Automated Computational Analysis to Improve Outcome Prediction in Mantle Cell Lymphoma: A Bioinformatic Substudy from the Fondazione Italiana Linfomi (FIL) MCL0208 Clinical Trial
2022-01-01 Francesca Cordero, Simone Ferrero, Simone Pernice, Elisa Genuardi, Roberta Sirovich, Beatrice Alessandria, Andrea Evangelista, Simone Ragaini, Maurizio Martelli, Alice Di Rocco, Alessandro Re, Chiara Pagani, Vittorio Stefoni, Federica Cavallo, Carola Boccomini, Monica Balzarotti, Vittorio Ruggero Zilioli, Maria Gomes da Silva, Luca Arcaini, Melania Celli, Gian Maria Zaccaria, Dora Tortarolo, Sergio Cortelazzo, Marco Ladetto
Sparsely connected autoencoders: A multi‐purpose tool for single cell omics analysis
2021-01-01 Alessandri L.; Ratto M.L.; Contaldo S.G.; Beccuti M.; Cordero F.; Arigoni M.; Calogero R.A.
MET Exon 14 Skipping: A Case Study for the Detection of Genetic Variants in Cancer Driver Genes by Deep Learning
2021-01-01 Nosi, Vladimir; Luca, Alessandrì; Milan, Melissa; Arigoni, Maddalena; Benvenuti, Silvia; Cacchiarelli, Davide; Cesana, Marcella; Riccardo, Sara; Di Filippo, Lucio; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Comoglio, Paolo M.; Calogero, Raffaele A.
Interpretable deep model for predicting gene-addicted non-small-cell lung cancer in ct scans
2021-01-01 Pino, Carmelo.; Palazzo, Simone.; Trenta, Francesca; Cordero, Francesca.; Bagci, Ulas.; Rundo, Francesco; Battiato, Sebastiano.; Giordano, Daniela.; Aldinucci, Marco; Spampinato, Concetto
Faecal miRNA profiles associated with age, sex, BMI, and lifestyle habits in healthy individuals
2021-01-01 Francavilla, Antonio; Gagliardi, Amedeo; Piaggeschi, Giulia; Tarallo, Sonia; Cordero, Francesca; Pensa, Ruggero G.; Impeduglia, Alessia; Caviglia, Gian Paolo; Ribaldone, Davide Giuseppe; Gallo, Gaetano; Grioni, Sara; Ferrero, Giulio; Pardini, Barbara; Naccarati, Alessio
Application of the Euro Clonality next-generation sequencing-based marker screening approach to detect immunoglobulin heavy chain rearrangements in mantle cell lymphoma patients: first data from the Fondazione Italiana Linfomi MCL0208 trial
2021-01-01 Genuardi, Elisa; Romano, Greta; Beccuti, Marco; Alessandria, Beatrice; Mannina, Donato; Califano, Catello; Rota Scalabrini, Delia; Cortelazzo, Sergio; Ladetto, Marco; Ferrero, Simone; Calogero, Raffaele A; Cordero, Francesca
Sparsely-connected autoencoder (SCA) for single cell RNAseq data mining
2021-01-01 Luca Alessandri, Francesca Cordero, Marco Beccuti, Nicola Licheri, Maddalena Arigoni, Martina Olivero, Maria Flavia Di Renzo, Anna Sapino, Raffaele Calogero
Computational Analysis of circRNA Expression Data
2021-01-01 Ferrero G.; Licheri N.; De Bortoli M.; Calogero R.A.; Beccuti M.; Cordero F.
Immune Trait Shifts in Association With Tobacco Smoking: A Study in Healthy Women
2021-01-01 Piaggeschi G.; Rolla S.; Rossi N.; Brusa D.; Naccarati A.; Couvreur S.; Spector T.D.; Roederer M.; Mangino M.; Cordero F.; Falchi M.; Visconti A.
Docker4Circ: A Framework for the Reproducible Characterization of circRNAs from RNA-Seq Data
2020-01-01 Ferrero, Giulio; Licheri, Nicola; Coscujuela Tarrero, Lucia; De Intinis, Carlo; Miano, Valentina; Calogero, Raffaele Adolfo; Cordero, Francesca; De Bortoli, Michele; Beccuti, Marco
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
|---|---|---|---|
| A single cell RNAseq benchmark experiment embedding "controlled" cancer heterogeneity | 2024 | Arigoni, Maddalena; Ratto, Maria Luisa; Riccardo, Federica; Balmas, Elisa; Calogero, Lorenzo; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Calogero, Raffaele A; Alessandri, Luca | |
| Modulation of faecal miRNAs highlights the preventive effects of a Mediterranean low-inflammatory dietary intervention | 2024 | Illescas, Oscar; Ferrero, Giulio; Belfiore, Antonino; Pardini, Barbara; Tarallo, Sonia; Ciniselli, Chiara M.; Noci, Sara; Daveri, Elena; Signoroni, Stefano; Cattaneo, Laura; Mancini, Andrea; Morelli, Daniele; Milione, Massimo; Cordero, Francesca; Rivoltini, Licia; Verderio, Paolo; Pasanisi, Patrizia; Vitellaro, Marco; Naccarati, Alessio; Gariboldi, Manuela | |
| Tamoxifen Activates Transcription Factor EB and Triggers Protective Autophagy in Breast Cancer Cells by Inducing Lysosomal Calcium Release: A Gateway to the Onset of Endocrine Resistance | 2024 | Boretto, Cecilia; Actis, Chiara; Faris, Pawan; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Ferrero, Giulio; Muzio, Giuliana; Moccia, Francesco; Autelli, Riccardo | |
| Single-Cell RNAseq Complexity Reduction | 2023 | Cordero, Francesca; Calogero, Raffaele A | |
| AI generativa (chatBot) in didattica | 2023 | Ivan Molineris, Leonardo Agasso, Ugo Ala, Beatrice Albanesi, Marco Beccuti, Marco Amato Cianci , Riccardo Casciaro , Franco Cauda , Riccardo Massimo Coda, Francesca Cordero, Luigi Di Caro , Ferdinando Di Cunto , Valerio Dimonte, Elena Mazzi , Gian Marco Mongiovi' , Gian Luca Pozzato, Luisa Tibiletti, Mariacristina Uberti , Erica Varese | |
| Artificial intelligence methods for biomedical imaging and omics data | 2023 | Barbano C.A.; Beccuti M.; Cordero F.; Ivanov D.N.; Licheri N.; Pernice S.; Presta A.; Renzulli R.; Grangetto M. | |
| CONNECTOR, fitting and clustering of longitudinal data to reveal a new risk stratification system | 2023 | Pernice, Simone; Sirovich, Roberta; Grassi, Elena; Viviani, Marco; Ferri, Martina; Sassi, Francesco; Alessandrì, Luca; Tortarolo, Dora; Calogero, Raffaele A; Trusolino, Livio; Bertotti, Andrea; Beccuti, Marco; Olivero, Martina; Cordero, Francesca | |
| A fecal miRNA signature by small RNA sequencing accurately distinguishes colorectal cancers: results from a multicentric study | 2023 | Pardini, Barbara; Ferrero, Giulio; Tarallo, Sonia; Gallo, Gaetano; Francavilla, Antonio; Licheri, Nicola; Trompetto, Mario; Clerico, Giuseppe; Senore, Carlo; Peyre, Sergio; Vymetalkova, Veronika; Vodickova, Ludmila; Liska, Vaclav; Vycital, Ondrej; Levy, Miroslav; Macinga, Peter; Hucl, Tomas; Budinska, Eva; Vodicka, Pavel; Cordero, Francesca; Naccarati, Alessio | |
| A new computational workflow to guide personalized drug therapy | 2023 | Pernice, Simone; Maglione, Alessandro; Tortarolo, Dora; Sirovich, Roberta; Clerico, Marinella; Rolla, Simona; Beccuti, Marco; Cordero, Francesca | |
| Stool microRNA profiles reflect different dietary and gut microbiome patterns in healthy individuals | 2022 | Tarallo S.; Ferrero G.; De Filippis F.; Francavilla A.; Pasolli E.; Panero V.; Cordero F.; Segata N.; Grioni S.; Pensa R.G.; Pardini B.; Ercolini D.; Naccarati A. | |
| Dissecting MRD Kinetics By Automated Computational Analysis to Improve Outcome Prediction in Mantle Cell Lymphoma: A Bioinformatic Substudy from the Fondazione Italiana Linfomi (FIL) MCL0208 Clinical Trial | 2022 | Francesca Cordero, Simone Ferrero, Simone Pernice, Elisa Genuardi, Roberta Sirovich, Beatrice Alessandria, Andrea Evangelista, Simone Ragaini, Maurizio Martelli, Alice Di Rocco, Alessandro Re, Chiara Pagani, Vittorio Stefoni, Federica Cavallo, Carola Boccomini, Monica Balzarotti, Vittorio Ruggero Zilioli, Maria Gomes da Silva, Luca Arcaini, Melania Celli, Gian Maria Zaccaria, Dora Tortarolo, Sergio Cortelazzo, Marco Ladetto | |
| Sparsely connected autoencoders: A multi‐purpose tool for single cell omics analysis | 2021 | Alessandri L.; Ratto M.L.; Contaldo S.G.; Beccuti M.; Cordero F.; Arigoni M.; Calogero R.A. | |
| MET Exon 14 Skipping: A Case Study for the Detection of Genetic Variants in Cancer Driver Genes by Deep Learning | 2021 | Nosi, Vladimir; Luca, Alessandrì; Milan, Melissa; Arigoni, Maddalena; Benvenuti, Silvia; Cacchiarelli, Davide; Cesana, Marcella; Riccardo, Sara; Di Filippo, Lucio; Cordero, Francesca; Beccuti, Marco; Comoglio, Paolo M.; Calogero, Raffaele A. | |
| Interpretable deep model for predicting gene-addicted non-small-cell lung cancer in ct scans | 2021 | Pino, Carmelo.; Palazzo, Simone.; Trenta, Francesca; Cordero, Francesca.; Bagci, Ulas.; Rundo, Francesco; Battiato, Sebastiano.; Giordano, Daniela.; Aldinucci, Marco; Spampinato, Concetto | |
| Faecal miRNA profiles associated with age, sex, BMI, and lifestyle habits in healthy individuals | 2021 | Francavilla, Antonio; Gagliardi, Amedeo; Piaggeschi, Giulia; Tarallo, Sonia; Cordero, Francesca; Pensa, Ruggero G.; Impeduglia, Alessia; Caviglia, Gian Paolo; Ribaldone, Davide Giuseppe; Gallo, Gaetano; Grioni, Sara; Ferrero, Giulio; Pardini, Barbara; Naccarati, Alessio | |
| Application of the Euro Clonality next-generation sequencing-based marker screening approach to detect immunoglobulin heavy chain rearrangements in mantle cell lymphoma patients: first data from the Fondazione Italiana Linfomi MCL0208 trial | 2021 | Genuardi, Elisa; Romano, Greta; Beccuti, Marco; Alessandria, Beatrice; Mannina, Donato; Califano, Catello; Rota Scalabrini, Delia; Cortelazzo, Sergio; Ladetto, Marco; Ferrero, Simone; Calogero, Raffaele A; Cordero, Francesca | |
| Sparsely-connected autoencoder (SCA) for single cell RNAseq data mining | 2021 | Luca Alessandri, Francesca Cordero, Marco Beccuti, Nicola Licheri, Maddalena Arigoni, Martina Olivero, Maria Flavia Di Renzo, Anna Sapino, Raffaele Calogero | |
| Computational Analysis of circRNA Expression Data | 2021 | Ferrero G.; Licheri N.; De Bortoli M.; Calogero R.A.; Beccuti M.; Cordero F. | |
| Immune Trait Shifts in Association With Tobacco Smoking: A Study in Healthy Women | 2021 | Piaggeschi G.; Rolla S.; Rossi N.; Brusa D.; Naccarati A.; Couvreur S.; Spector T.D.; Roederer M.; Mangino M.; Cordero F.; Falchi M.; Visconti A. | |
| Docker4Circ: A Framework for the Reproducible Characterization of circRNAs from RNA-Seq Data | 2020 | Ferrero, Giulio; Licheri, Nicola; Coscujuela Tarrero, Lucia; De Intinis, Carlo; Miano, Valentina; Calogero, Raffaele Adolfo; Cordero, Francesca; De Bortoli, Michele; Beccuti, Marco |
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