Il genoma di E.coli K12 e' stato filtrato da Hunter , un predittore sviluppato dal gruppo di Biocomputing ( Universita' di Bologna ) ( Ref. Martelli, Casadio et al., Protein Science 2003, 12 pag 1158-1168 ). Hunter ha individuato come possibili nuove OMPs 18 proteine nella parte di genoma di E.coli non annotata. Tale predizione e' stata quindi sottoposta alla verifica sperimentale. Inizialmente si e' scelto di studiare un sottoinsieme di otto proteine : in breve le sequenze sono state clonate ed espresse, si e' quindi proceduto a separare la frazione solubile ( citoplasma + periplasma ) dalla frazione di membrana ( membrana interna + membrana esterna ), la purezza di tali frazioni e' stata verificata con OmpA e SecB come markers della frazione di membrana e della frazione citoplasmatica, rispettivamente. In accordo con i risultati dell' analisi bioinformatica, le proteine predette sono state identificate nella frazione di membrana. Si e' proceduto separando la frazione di membrana interna da quella esterna e per almeno cinque proteine la localizzazione cellulare risulta essere la membrana esterna, dimostrando come l'analisi bioinformatica sia di fondamentale importanza nella ricerca di nuove proteine a partire dai genomi sequenziati.
Annotazione di nuove proteine della membrana esterna di E.coli K12
Fariselli P.;
2004-01-01
Abstract
Il genoma di E.coli K12 e' stato filtrato da Hunter , un predittore sviluppato dal gruppo di Biocomputing ( Universita' di Bologna ) ( Ref. Martelli, Casadio et al., Protein Science 2003, 12 pag 1158-1168 ). Hunter ha individuato come possibili nuove OMPs 18 proteine nella parte di genoma di E.coli non annotata. Tale predizione e' stata quindi sottoposta alla verifica sperimentale. Inizialmente si e' scelto di studiare un sottoinsieme di otto proteine : in breve le sequenze sono state clonate ed espresse, si e' quindi proceduto a separare la frazione solubile ( citoplasma + periplasma ) dalla frazione di membrana ( membrana interna + membrana esterna ), la purezza di tali frazioni e' stata verificata con OmpA e SecB come markers della frazione di membrana e della frazione citoplasmatica, rispettivamente. In accordo con i risultati dell' analisi bioinformatica, le proteine predette sono state identificate nella frazione di membrana. Si e' proceduto separando la frazione di membrana interna da quella esterna e per almeno cinque proteine la localizzazione cellulare risulta essere la membrana esterna, dimostrando come l'analisi bioinformatica sia di fondamentale importanza nella ricerca di nuove proteine a partire dai genomi sequenziati.
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
